Pembangunan indutri francais akan terus berhadapan dengan pelbagai cabaran. Di antara cabaran-cabaran yang dihadapi ialah:-
a) Modal keseluruhan.
Pelaburan modal permulaan perniagaan francais yang besar menjadikan bentuk perniagaan ini lebih eksklusif dan sukar untuk bakal usahawan menceburi bidang ini. Kos untuk mendapatkan hak menggunakan jenama dan khidmat bantuan dari francaisor juga adalah tinggi. Diantara kos tetap yang perlu ditanggung oleh francaisi adalah;
i. Yuran Francais dan modal permulaan.
ii. Royalti Bulanan.
iii. Yuran Iklan.
b) Tidak memberi kebebasan kepada francaisi.
Penglibatan pihak francaisi dalam perniagaan francais adalah tertakluk kepada peraturan dan sistem pengoperasian perniagaan yang telah ditetapkan oleh pihak francaisor. Untuk menjaga keseragaman, francaisor akan mengawal perniagaan francaisi dan francaisi juga terikat kepada perjanjian francais dan perlu mematuhi sistem operasi yang telah ditetapkan. Ini secara tidak langsung akan menyekat tahap daya kreativiti dan inovasi francaisi terutamanya dalam aspek pengendalian perniagaannya. Selain itu, tindakan ini menghalang francaisi untuk bebas berniaga. Berikut adalah beberapa perkara berkaitan perjanjian francais;
i. Pemilihan Lokasi.
Kebiasaannya francaisi akan mencadangkan lokasi kepada francaisor. Seterusnya francaisor akan melawat lokasi tersebut dan memberi pendapatnya samaada sesuai atau tidak. Jika tidak, francaisor akan memilih sendiri lokasi yang difikirkan strategik dan sesuai tetapi lokasi tersebut mungkin tidak sesuai dari sudut pandangan francaisi.
ii. Hiasan Dalaman & Konsep Perniagaan.
Terdapat francaisor yang akan menukar hiasan dalaman dan konsep perniagaan mengikut musim. Oleh itu kos renovasi dan pengubahsuaian tersebut mungkin tidak mampu untuk ditanggung oleh francaisi. Kebiasaannya, francaisor akan selalu menukar konsep perniagaan, uniform & sistem komputer.
iii. Penjualan Produk dan Perkhidmatan.
Francaisor akan mengawal setiap produk dan perkhidmatan perniagaan francaisi. Jadi, francaisi tidak boleh menjual produk atau perkhidmatan lain selain daripada milik francaisor.
iv. Operasi Perniagaan.
Francaisor mengawal waktu operasi perniagaan, uniform pekerja, iklan serta promosi dan juga prosedur perniagaan. Harga jualan juga dikawal sehingga francaisi tidak dapat memberi diskaun kepada pelanggan. Pengedar juga perlulah dari pengedar yang diluluskan oleh francaisor, walaupun francaisi boleh mendapatkan barang dari pengedar yang lebih murah.
v. Hak Wilayah (Territorial Rights).
Kawalan ini untuk menggelak daripada bersaing dengan francaisi lain. Selain itu, ia juga bertujuan untuk menghalang francaisi membuka cawangan lain atau berpindah ke lokasi lain. Francaisor juga ada hak untuk menghalang francaisi membuat website sendiri.
c) Pemilihan Francaisor perlu dilakukan dengan teliti.
Francaisi juga mudah dikhianati oleh pihak francaisor yang tidak jujur dan tamak. Pihak francaisor pula mungkin akan menghadapi kesukaran untuk menangani masalah penipuan seperti bayaran royalti, bayaran caj perkhidmatan, peniruan dan kebocoran formula produk dan sebagainya apabila cawangan francais pihak francaisor bertambah dan berkembang pesat. Kegagalan francaisor menangani masalah sedemikian boleh mengakibatkan kemusnahan ikatan pemfrancaisan. Misalnya, pada peringkat permulaan, pihak francaisor memberi kebenaran dan hak pengoperasian perniagaan francais kepada francaisi terutamanya pengoperasian perniagaan yang berjalan di kawasan yang kurang membangun. Apabila perniagaan francais berkenaan di kawasan itu meningkat maju dan terkenal, pihak francaisor akan mengambil kembali hak berniaga dan beroperasi sendiri. Tindakan pihak francaisor sedemikian akan merugikan francaisi yang telah bertungkus lumus untuk membangunkan perniagaannya.
d) Perlu komitmen yang tinggi daripada francaisi.
Francaisi bukan sahaja sekadar perlu mempunyai keupayaan untuk mengeluarkan modal semata-mata sebaliknya perlu belajar dan memahami selok-belok perniagaan yang bakal diceburi. Francaisi perlu memenuhi pengetahuan dari aspek kewangan, simpanan, komitmen, kemampuan dari mental dan fizikal, memiliki kepercayaan kepada produk serta sentiasa menjalankan penyelidikan. Francaisi juga diminta agar berusaha membangunkan sendiri pasaran perniagaannya, meningkatkan penguasaan pasaran, memaksimakan keuntungan serta bersaing dengan pesaing terdekat dalam pasaran.
e) Penamatan dan pembaharuan kontrak
Kontrak francais akan tamat sekiranya francaisi melanggar perjanjian francais. Kontrak ini hanya sah bagi tempoh masa yang telah dipersetujui dan tiada jaminan atas pembaharuan kontrak.
f) Penamatan Kontrak
Francaisor boleh menamatkan kontrak sekiranya francaisi gagal membayar royalti, gagal menunjukkan prestasi yang menguntungkan dan lain-lain sebab yang munasabah. Segala pelaburan francaisi akan hilang apabila kontrak tamat. Di Malaysia, setiap perjanjian francais adalah untuk 5 tahun.
g) Pembaharuan Kontrak
Pembaharuan kontrak tidak berlaku secara otomatik. Segala terma dan syarat mungkin akan berubah. Antaranya kenaikkan kadar bayaran royalti, membuat pengubahsuaian kedai, menggurangkan hak wilayah dan kawalan atas jualan. Semua pembaharuan ini berkemungkinan untuk memberi peluang kepada fra