Pembangunan indutri francais akan terus berhadapan dengan pelbagai cabaran. Di antara cabaran-cabaran yang dihadapi ialah:-
 
a) Modal keseluruhan.
Pelaburan modal permulaan perniagaan francais yang besar menjadikan  bentuk perniagaan ini lebih eksklusif dan sukar untuk bakal usahawan  menceburi bidang ini. Kos untuk mendapatkan hak menggunakan jenama  dan khidmat bantuan dari francaisor juga adalah tinggi. Diantara kos tetap  yang perlu ditanggung oleh francaisi adalah;
i.     Yuran Francais dan modal permulaan.
ii.     Royalti Bulanan.
iii.    Yuran Iklan.
b) Tidak memberi kebebasan kepada francaisi.
Penglibatan pihak francaisi dalam perniagaan francais adalah tertakluk  kepada peraturan dan sistem pengoperasian perniagaan yang telah  ditetapkan oleh pihak francaisor. Untuk menjaga keseragaman, francaisor  akan mengawal perniagaan francaisi dan francaisi juga terikat kepada  perjanjian francais dan perlu mematuhi sistem operasi yang telah ditetapkan.  Ini secara tidak langsung akan menyekat tahap daya kreativiti dan inovasi  francaisi terutamanya dalam aspek pengendalian perniagaannya. Selain itu,  tindakan ini menghalang francaisi untuk bebas berniaga. Berikut adalah  beberapa perkara berkaitan perjanjian francais;
i.    Pemilihan Lokasi.
Kebiasaannya francaisi akan mencadangkan lokasi kepada francaisor. Seterusnya francaisor akan melawat lokasi tersebut dan memberi pendapatnya samaada sesuai atau tidak. Jika tidak, francaisor akan memilih sendiri lokasi yang difikirkan strategik dan sesuai tetapi lokasi tersebut mungkin tidak sesuai dari sudut pandangan francaisi.
ii.    Hiasan Dalaman & Konsep Perniagaan.
Terdapat francaisor yang akan menukar hiasan dalaman dan konsep perniagaan mengikut musim. Oleh itu kos renovasi dan pengubahsuaian tersebut mungkin tidak mampu untuk ditanggung oleh francaisi. Kebiasaannya, francaisor akan selalu menukar konsep perniagaan, uniform & sistem komputer.
iii.   Penjualan Produk dan Perkhidmatan.
Francaisor akan mengawal setiap produk dan perkhidmatan perniagaan francaisi. Jadi, francaisi tidak boleh menjual produk atau perkhidmatan lain selain daripada milik francaisor.
iv.   Operasi Perniagaan.
Francaisor mengawal waktu operasi perniagaan, uniform pekerja, iklan serta promosi dan juga prosedur perniagaan. Harga jualan juga dikawal sehingga francaisi tidak dapat memberi diskaun kepada pelanggan. Pengedar juga perlulah dari pengedar yang diluluskan oleh francaisor, walaupun francaisi boleh mendapatkan barang dari pengedar yang lebih murah.
v.    Hak Wilayah (Territorial Rights).
Kawalan ini untuk menggelak daripada bersaing dengan francaisi lain. Selain itu, ia juga bertujuan untuk menghalang francaisi membuka cawangan lain atau berpindah ke lokasi lain. Francaisor juga ada hak untuk menghalang francaisi membuat website sendiri.
c)  Pemilihan Francaisor perlu dilakukan dengan teliti.
Francaisi juga mudah dikhianati oleh pihak francaisor yang tidak jujur dan  tamak.  Pihak francaisor pula mungkin akan menghadapi kesukaran untuk  menangani masalah penipuan seperti bayaran royalti, bayaran caj  perkhidmatan, peniruan dan kebocoran formula produk dan sebagainya  apabila cawangan francais pihak francaisor bertambah dan berkembang  pesat. Kegagalan francaisor menangani masalah sedemikian boleh  mengakibatkan kemusnahan ikatan pemfrancaisan.  Misalnya, pada  peringkat permulaan, pihak francaisor memberi kebenaran dan hak  pengoperasian perniagaan francais kepada francaisi terutamanya  pengoperasian perniagaan yang berjalan di kawasan yang kurang  membangun. Apabila perniagaan francais berkenaan di kawasan itu meningkat maju dan terkenal, pihak francaisor akan mengambil kembali hak  berniaga dan beroperasi sendiri. Tindakan pihak francaisor sedemikian akan  merugikan francaisi yang telah bertungkus lumus untuk membangunkan  perniagaannya.
d) Perlu komitmen yang tinggi daripada francaisi.
Francaisi bukan sahaja sekadar perlu mempunyai keupayaan untuk  mengeluarkan modal semata-mata sebaliknya perlu belajar dan memahami  selok-belok perniagaan yang bakal diceburi. Francaisi perlu memenuhi  pengetahuan dari aspek kewangan, simpanan, komitmen, kemampuan dari  mental dan fizikal, memiliki kepercayaan kepada produk serta sentiasa  menjalankan penyelidikan. Francaisi juga diminta agar berusaha  membangunkan sendiri pasaran perniagaannya, meningkatkan penguasaan  pasaran, memaksimakan keuntungan serta bersaing dengan pesaing  terdekat dalam pasaran.
e)  Penamatan dan pembaharuan kontrak
Kontrak francais akan tamat sekiranya francaisi melanggar perjanjian francais.  Kontrak ini hanya sah bagi tempoh masa yang telah dipersetujui dan tiada  jaminan atas pembaharuan kontrak.  
f)  Penamatan Kontrak
Francaisor boleh menamatkan kontrak sekiranya francaisi gagal membayar  royalti, gagal menunjukkan prestasi yang menguntungkan dan lain-lain sebab  yang munasabah. Segala pelaburan francaisi akan hilang apabila kontrak  tamat. Di Malaysia, setiap perjanjian francais adalah untuk 5 tahun.
g) Pembaharuan Kontrak 
Pembaharuan kontrak tidak berlaku secara otomatik. Segala terma dan  syarat mungkin akan berubah. Antaranya kenaikkan kadar bayaran royalti,  membuat pengubahsuaian kedai, menggurangkan hak wilayah dan kawalan  atas jualan. Semua pembaharuan ini berkemungkinan untuk memberi  peluang kepada fra